Вместо использования '.' как ваш каталог, обратитесь к его абсолютному пути:
for file in DirectoryWalker(os.path.abspath('.')):
print file
Кроме того, я бы рекомендовал использовать слово, отличное от «file», потому что оно что-то означает в языке Python. Не ключевое слово, хотя оно все еще работает.
Кроме того, при работе с именами файлов я считаю, что модуль os.path невероятно полезен - я бы рекомендовал просмотреть это, особенно
os.path.normpath
Нормализует пути (избавляет от лишних '. И' theFolderYouWereJustIn /../ 's)
os.path.join
Объединяет два пути