Вы настраиваете соответствующие папки, чтобы быть исходной папкой?
Они должны быть включены в путь сборки java ( Свойства проекта -> путь сборки java -> source ). Eclipse показывает только структуру пакета и предоставляет необходимые вещи, такие как возможности рефакторинга, проверка синтаксической ошибки Java для папок, включенных в путь сборки Java.