Чтобы определить направление, нужно знать гораздо больше о том, чего вы хотите достичь, в точности.
Однако я бы исключил вариант 2 (несколько коллекций), потому что я не вижу каких-либо преимуществ этого подхода: вам придется определять имя коллекции во время выполнения, написать немного сложнее ваши запросы и существует жесткое ограничение на количество коллекций, которые вы можете иметь (примерно 1,5 млн. коллекций с файлом пространства имен 2 ГБ )
Вариант 1 может помочь изолировать клиентов и повысить безопасность, но при выборе базы данных все еще существует риск ошибок программирования. Однако изолировать этот код очень просто.
Обе эти опции имеют недостаток, который нельзя запрашивать во всех коллекциях. Однако вы всегда захотите иметь доступ к некоторым коллекциям, которые по существу являются общими для всех клиентов (например, журналы, статистика и т. Д.), Поэтому у вас есть дополнительное бремя их разделения.
Вот почему я обычно выбираю вариант 1.