Я написал функцию, которая строит несколько линий вдоль оси, укладывая их там, где они перекрываются. Ниже приведен код, пример таблицы и изображение, которое он создает.
Сюжет в основном именно то, что я искал, но для нескольких вещей (в порядке важности):
Построение сегментов является чрезвычайно медленным процессом: около 1 сегмента каждые 0,5 секунды. Учитывая, что это всего лишь линии, я ожидал чего-то гораздо более быстрого. Я не знаю причину этого. Я знаю, что явные циклы могут быть медленными в R, так что это может быть так, или я должен как-то рисовать за кадром, а потом выводить график на экран? Очень важно найти эффективный по времени метод для построения карт такого типа, потому что мои таблицы легко могут быть длиной в десятки тысяч строк.
Я не могу найти способ указать зазор между позициями y на фиксированном расстоянии независимо от количества позиций Y. В крайнем случае, построение только двух сегментов дает график с сегментами, расположенными очень далеко друг от друга.
Может ли кто-нибудь помочь мне с любым из этих пунктов (или, действительно, чем-то еще, что я мог бы сделать лучше)?
(в этом коде читается == сегменты)
Функция:
viewReads <- function(reads){
# sort by start
sorted <- reads[order(reads$start),];
#---
# In the first iteration we work out the y-axis
# positions that segments should be plotted on
# segments should be plotted on the next availible
# y position without merging with another segment
#---
yread <- c(); #keeps track of the x space that is used up by segments
# get x axis limits
minstart <- min(sorted$start);
maxend <- max(sorted$end);
# initialise yread
yread[1] <- minstart - 1;
ypos <- c(); #holds the y pos of the ith segment
# for each read
for (r in 1:nrow(sorted)){
read <- sorted[r,];
start <- read$start;
placed <- FALSE;
# iterate through yread to find the next availible
# y pos at this x pos (start)
y <- 1;
while(!placed){
if(yread[y] < start){
ypos[r] <- y;
yread[y] <- read$end;
placed <- TRUE;
}
# current y pos is used by another segment, increment
y <- y + 1;
# initialize another y pos if we're at the end of the list
if(y > length(yread)){
yread[y] <- minstart-1;
}
}
}
# find the maximum y pos that is used to size up the plot
maxy <- length(yread);
sorted$ypos <- ypos;
# Now we have all the information, start the plot
plot.new();
plot.window(xlim=c(minstart, maxend+((maxend-minstart)/10)), ylim=c(1,maxy));
axis(3);
#---
# This second iteration plots the segments using the found y pos and
# the start and end values
#---
for (r in 1:nrow(sorted)){
read <- sorted[r,];
# colour dependent on strand type
if(read$strand == '+'){
color = 'blue'
}else{
color = 'red'
}
#plot this segment!
segments(read$start, maxy-read$ypos, read$end, maxy-read$ypos, col=color);
}
}
Пример кода:
start end strand
86 115 +
87 115 +
91 116 +
88 117 +
91 117 +
98 125 -
104 131 +
104 131 +
106 132 -
104 134 +
104 134 +
104 134 +
106 134 +
106 134 +
106 134 +
106 134 +
106 134 +
106 135 +
106 135 +
106 135 +
106 135 +
106 135 +
106 135 +
106 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
108 135 +
109 135 +
116 135 -
106 136 +
106 136 +
106 136 +
108 136 +
108 136 +
108 136 +
108 136 +
108 136 +
108 136 +
108 136 +
108 136 +
108 136 +
108 137 +
108 137 +
109 137 -
108 138 +
108 138 +
108 138 +
108 138 +
112 138 +
112 139 +
119 141 +
116 143 +
121 145 +
127 145 -
119 146 +
121 148 +
142 169 -
142 169 -
160 185 -
162 185 -
165 185 -
результат:
