Да, вы можете! При условии, что у вас есть права доступа для изменения файлов PDF. Если они защищены паролем и у вас есть пароль, вы можете использовать itextsharp, чтобы открыть их с паролем, чтобы иметь возможность их редактировать.
Затем вы можете использовать класс itextsharp PdfStamper
в сочетании с классом PdfContentByte
для добавления содержимого в любую позицию в PDF.