Скорее всего, вы столкнулись с проблемой сортировки.Для правильного отображения прозрачной геометрии грани объекта должны быть отсортированы сзади вперед.
К сожалению, в opengl-es (или в любой существующей библиотеке gfx) встроенной поддержки для этого нет.Единственная возможность состоит в том, чтобы отсортировать полигоны, воссоздать ваш объект в каждом кадре и нарисовать его с правильно упорядоченными гранями.
Обходным путем будет использование аддитивной прозрачности вместо обычной прозрачности.Аддитивная прозрачность - это независимый от заказа расчет.Не забывайте отключать запись в z-буфер во время рисования, поскольку в противном случае некоторая геометрия может быть исключена.
Аддитивная прозрачность достигается путем установки обоих значений blendfunc на GL_ONE.