В Appassembler 1.3 вы можете сделать это, настроив параметр showConsoleWindow
в POM:
<showConsoleWindow>flase</showConsoleWindow>
Это изменит строку в результирующем скрипте с
if "%JAVACMD%"=="" set JAVACMD=java
наэто
if "%JAVACMD%"=="" set JAVACMD=start /min javaw