Начиная с Maven 3.0.3 все плагины выполняются в том порядке, в котором они находятся в вашем pom.xml. Таким образом, установить исполняемый флаг независимым от платформы способом так же просто, как использовать плагин maven -forcer-сразу после вашего плагина appassembler.
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-enforcer-plugin</artifactId>
<version>1.3.1</version>
<executions>
<execution>
<id>enforce-beanshell</id>
<phase>package</phase>
<goals>
<goal>enforce</goal>
</goals>
<configuration>
<rules>
<evaluateBeanshell>
<condition>
import java.io.File;
print("set executable for file ${basedir}/dist/bin/mql");
new File("${basedir}/dist/bin/mql").setExecutable(true,false);
true;
</condition>
</evaluateBeanshell>
</rules>
<fail>false</fail>
</configuration>
</execution>
</executions>
</plugin>