Программа patch
man-страница сообщает, что:
Если в ведущем мусоре есть строка Index: и если либо старые, либо новые имена отсутствуют, либо если patch соответствует POSIX, то patch принимает имя в строке Index:.
Я полагаю, что это более "старая" вещь, используемая для устаревшего формата патчей, и используемый вами генератор патчей все еще генерирует это (в контекстном и унифицированном формате строки +++/---/***
уже выполняют эту работу). Это не вредит.