Как писал Мартин, добавляя каталог включения через
QMAKE_CXXFLAGS += -isystem ...
подавляет предупреждения только в соответствующих заголовках. Нет необходимости отключать предупреждения для любых исходных файлов вашего проекта (или даже для всего проекта) или связываться с файлами #pragmas или wrappers.
Обратите внимание, что если вы используете QtCreator, вы все равно (т.е. дополнительно) захотите добавить каталог в INCLUDEPATH
, чтобы индексатор поднял заголовки.