AFAIK prefuse не устанавливает цвет узла автоматически.Он обрабатывает color
как любое другое поле.
Попробуйте использовать DataColorAction
:
ColorAction color = new DataColorAction(
PrefuseLib.getGroupName("data", Graph.NODES),
"color", Constants.NOMINAL, VisualItem.FILLCOLOR, palette);
Обратите внимание, что вам все равно нужно установить int[] palette
в соответствии с вашими цветами.