Flex SDK поставляется со своими собственными средами выполнения, но при отладке вы используете исполняемый файл ADL (AIR Debug Launcher) из папки / bin SDK, с которым вы компилируете (если вы не определили собственный компоновщик проект).
Обратите внимание, что эта ссылка относится к API версии 3, новые API включают опции для многоэкранных сред выполнения, но с этого следует начать.
Это может звучать странно, но я бы посоветовал вам не использовать конструктор Flash Builder для компиляции проектов, если это не что-то очень простое. Если вам нужна такая функциональность, используйте свой собственный конструктор. Для этой цели Adobe предоставляет Ant задачу для создания проектов Flex. Итак, я бы назначил Ant сборщиком проекта и написал бы файл сборки.