Вы можете попробовать использовать проект веб-установки.
Добавьте новый проект в ваше решение.
В диалоговом окне «Добавить новый проект» выберите Other Project Types->Setup and Deployment->Visual Studio Installer.
Затем выберите Web Setup Project.
В созданном проекте установки добавьте Project Output... (файлы содержимого) к Web Application Folder (в редакторе файловой системы).
Проект веб-настройки по умолчанию включает проверку IIS и .NET framework. Можно добавить проверки для других зависимостей.
При создании проекта установки создается msi-файл вместе с файлом setup.exe, который включает некоторую проверку перед установкой.