Если вы не хотите, чтобы плагин m2e eclipse активно связывался с настройками вашего проекта, используйте цель maven-eclipse-plugin *1002*, чтобы сгенерировать настройки затмения.
Это будетсгенерируйте свои настройки eclipse, основываясь на том, что у вас есть в pom, поэтому вам все равно нужно будет установить параметры компилятора maven в pom, если вы не хотите устанавливать их каждый раз, когда вы обновляете файлы проекта eclipse при обновленииpom.
Если вы взгляните на подробную конфигурацию этого плагина, есть инструкции о том, как генерировать различные фрагменты метаданных затмения.