Я понимаю, что webservices-api.jar переопределяет некоторые классы в стандартной JRE, верно?
Единственный выход, который я вижу, - это переместить банку в JRE\lib\ext
и отметить эту зависимостьв Maven как system
.Это не хорошее решение, так как Maven прекратит упаковывать этот артефакт в вашу цель, и вы будете нести ответственность за его обработку.У этого есть шанс сработать, но, пожалуйста, обратите внимание, что я не пробовал его, поэтому я не уверен, что вам удастся корректно переопределить свои библиотеки JRE.
Что касается m2e, то он берет на себя управление вашим Eclipse.настройки проекта, так что ручная настройка хороша, если вы не обновляете конфигурацию.