R Venn Diagram package Досточтимый недоступен - альтернативный пакет?

Question

Мне нужно построить пропорциональные площади диаграммы Венна как минимум с 5 переменными.

Я пытался установить Vennerable, но он больше не доступен. Не работает ссылка на сборку Windows (страница не найдена) .

Есть ли альтернативный пакет?

Answer 1

Исходные файлы, последний раз обновленные в 2007 году, доступны для загрузки из Sourceforge в виде файла tar.gz:

http://sourceforge.net/projects/vennerable/files/R%20Source%20package/1.1.1.1/Vennerable_1.1.1.1.tar.gz/download

Еще лучше, то, что кажется более обновленным ( Редактировать: и поврежден) исходные файлы, последнее обновление в 2009 году, можно извлечь из R-Forge с помощью SVN:

svn checkout svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/vennerable

Можете ли вы сделать это самостоятельно с помощью Rtools? Журнал сборки Linux x86_64 указывает на проблему с виньеткой, которая приводит к сбою сборки, а исходные tar.gz и двоичные файлы недоступны. Возможно, построение самостоятельно без виньетки сработает. Последнее обновление пакета производилось 19 месяцев назад, поэтому в настоящее время оно не поддерживается.

Редактировать

Кажется, самые последние версии R-Forge сломали пакет. Существует проблема с функцией compute.Venn(), и ряд тестов не пройден. Я собрал ревизию Venerable_1.1.1.1 для Sourceforge для архитектуры x86_64. Вы можете скачать его по адресу:

http://commondatastorage.googleapis.com/jthetzel-public/Vennerable_1.1.1.1.zip

На самом деле я не тестировал пакет, но он успешно устанавливается и загружается в R 2.13.0 x86_64 в Windows 7. Если у вас есть дополнительные вопросы, вы можете отправить электронное письмо автору пакета Джонатану Свинтону, чей адрес электронной почты вы получите найти в файле DESCRIPTION в zip-архиве.

Обратите внимание на редкое правильное использование всех заглавных букв для ссылки на файл DESCRIPTION, который был назван так, по-видимому, по историческим причинам (хотя мне было бы интересно, если у кого-то есть однозначное объяснение). Большинство других применений всех заглавных букв, как правило, не одобряются, если только вы специально не собираетесь повышать систолическое давление сообщества SO.

Answer 2

Следуйте этому:

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")       
biocLite("graph")       
biocLite("RBGL")       
biocLite("RColorBrewer")       
biocLite("gtools")       
biocLite("reshape" 
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org") 

Answer 3

Взгляд на CRAN (место для пакетов R) выявил как минимум два многообещающих пакета: VennDiagram и venneuler.

Answer 4

Vennerable 3.0 доступен.Его можно загрузить, например, из R с помощью
install.packages ("Vennerable", repos = "http://R -Forge.R-project.org")

Answer 5

Тщательный осмотр приводит к этому двигателю биоинформатики , обладающему более высокой производительностью, чем доступные пакеты R для диаграмм Венна, которые там были до сих пор. Он написан на Perl бельгийским автором Ливеном Стерком (lieven.sterck@psb.vib-ugent.be) из Гентского университета.

Веб-инструмент генерирует в качестве вывода не только запрошенную диаграмму (при условии, что ввод состоит из 5 или менее наборов, уже превосходящих возможности большинства пакетов R, доступных для диаграмм Венна), но также создает текстовый файл со списком элементы, содержащиеся в каждой группе пересечений для детальной проверки. Списки, хотя и не являются геометрическими диаграммами как таковые, могут быть созданы даже для сравнений, превышающих 5 наборов. Кроме того, этот веб-инструмент также выводит общее количество элементов в наборе данных в виде таблицы для подтверждения уникальных записей.

Единственная отсутствующая функция: взвешенная опция, эквивалентная «Chow-Ruskey» в пакете Vennerable R, которая, однако, похоже, страдает от некоторых проблем (помимо нестабильной установки, как упоминалось выше), добавляя дополнительный элемент в последний список групп предоставляется в кадре данных для перекрытия. Vennerable (и другие пакеты того же рода) генерирует только фигуру с групповыми метками и нумерует элементы, содержащиеся на пересечении, но не перечисляет их. Диаграммы Венна и данные о пересечениях в целом, хотя и простые в принципе, очень полезны для иллюстрации охвата биологических данных "multiomics" только для того, чтобы привести пример.