Вы можете установить значение для переменной / свойства даже в HTTP Request Sampler:
Ваш цикл while будет выглядеть так:
<b>Thread Group 1</b>
. . .
. . .
[execute your test logic here]
. . .
<b>HTTP Request</b>
<i>// last step</i>
${__setProperty(group1_done,TRUE,)}
. . .
Выражение условия для цикла WHILE в 3-й группе потоков:
${__P(group1_done,)} && ${__P(group2_done,)