Для любой библиотеки DLL, которой нет в ngen'd, каждый раз, когда вы запускаете приложение, оно повторно JIT код, который используется. Между запусками одной и той же не-ngen DLL-библиотеки нет кэширования кода JIT.
РЕДАКТИРОВАТЬ Устранена ошибка с GAC и NGEN