Глядя на руководство по wget, я не вижу этой функции, однако вы можете написать скрипт bash, который будет делать то, что вы хотите, который по сути будет запускать отдельный wget для каждого файла, а затем перемещать его с помощью обычной команды mv.
Альтернативно взгляните на rsync согласно руководству , есть параметр, который устанавливает временный каталог
-T --temp-dir=DIR create temporary files in directory DIR
Я не уверен на 100%, куда он помещает файлы во время загрузки, поскольку у меня не было возможности попробовать его.