Скажите им, чтобы не. Вы никогда не остановите решительного реверс-инженера, но если он входит в контракт, вам придется прибегнуть к помощи кого-то, кто извлекает из этого выгоду.
Запутывание делает отладку намного сложнее, не только для вас, но и для ваших клиентов, если они подключаются к вашему коду.
Еще одна причина избежать этого - соблазн проскользнуть, включая «секретные» порты, ключи шифрования или рукопожатия. Вам нужно будет найти совсем другую модель, если у вас есть какая-либо из них в вашем коде.