Коммерческая версия Dotfuscator содержит функцию под названием Linking, которая делает то же самое, что и ILMerge.Если у вас есть коммерческая версия, я настоятельно рекомендую использовать Linking.
Если вы используете Community Edition, я бы рекомендовал сначала объединить ваши сборки с ILMerge, а затем взять эту выходную сборку и добавить ее в качестве входных данныхв вашем проекте Dotfuscator.Там не должно быть никаких проблем с этим сценарием.Если вы попробуете это и у вас все еще будут проблемы, пожалуйста, опубликуйте ветку на форумах поддержки PreEmptive , и я буду рад помочь вам в этом.