Если все сделано правильно, минификация может быть полностью без побочных эффектов.Дело в том, что не так-то просто все сделать правильно.
Например, JS-компилятор Google, Closure, обычно работает нормально, но ломает более сложные сценарии.Всегда компромисс, лучшее сжатие за счет меньшей совместимости или наоборот.
Кроме того, включив gzip, вы достигаете несколько большей степени сжатия, чем минификации, и все это не затрагивая ваш код.Это сжигает процессор сервера.
Суть в том, что если вы не уверены, что нуждаетесь в минифицировании - скорее всего, нет.