Существует домен приложения по умолчанию, в который загружается ваше приложение (каждый экземпляр получает свой собственный).
Сбой означает, что сторонняя сборка (то есть плагин) будет аварийно завершать работу всего вашего приложения, если оно не будет загружено в отдельный домен приложения. Поэтому рекомендуется загружать плагины в отдельный домен приложения, поскольку сбой в домене приложения приведет к сбою только этого домена приложения, а не других доменов. В блоге CLR Add-In есть сообщения на эту тему.
Важно отметить, что домен приложения не обязательно должен находиться в одном и том же процессе или в одной и той же системе, поэтому он вам в основном нужен для удаленного взаимодействия.