Проект класса C # в решении Visual Studio всегда компилируется в сборку, поэтому добавление ссылки на проект неизбежно будет означать, что ваш исполняемый файл ссылается на сборку, созданную в результате компиляции другого проекта. Если вы не хотите распространять отдельную сборку с вашим исполняемым файлом, единственное, что вы можете сделать, - это ILMERGE сборки в ваш исполняемый файл как часть процесса сборки развертывания,