Звучит как плохая практика повсюду.
Во-первых, у вашей компании есть TFS, Visual Studio 2010 и еще - все еще используется проект, который скоро станет устаревшим Visual Studio Deployment. Нравится вам это или нет, но рано или поздно вы перейдете на WiX.
И если вы или ваши заинтересованные стороны все еще настаиваете на vdproj, зачем ссылаться на ваши собственные сборки от GAC? Первичный вывод далеко не идеален, но он превосходит GAC на вашей машине разработки.
GAC во время выполнения, а не во время разработки ©
Наконец, даже если по какой-то причине вы все еще хотите сослаться на свои собственные двоичные файлы, сделайте это из общей папки lib, хранящейся в контроле исходного кода вместо GAC.