IMO это ошибка в Visual Studio. Я был свидетелем этого много раз. Элементы решений периодически исчезают, и, похоже, они запускаются при изменении файла решения вне VS. Много раз я копировал файл с более новой версией, и, возможно, из-за того, что файл на мгновение удаляется, а затем воссоздается копией, VS обнаруживает кратковременное удаление и считает, что его следует удалить из решения. (Под мгновенно я имею в виду, возможно, мс.)
При использовании TFS, часто когда я захожу, чтобы проверить что-то, я замечаю, что файл решения извлечен, даже если я не редактировал его, и когда я сравниваю файл sln, я понимаю, что VS думал, что файл решения был удален, поэтому я должен отменить извлечение файла sln. На самом деле, это настолько меня кусало, что теперь, когда я проверяю файл sln, я сравниваю его, просто чтобы убедиться, что VS не пытался проскользнуть мимо меня.
(И я также провел довольно много часов в своей жизни, исправляя случайные проверки файла sln другими членами команды из-за этой проблемы.)