Я не использовал скины с пользовательскими веб-элементами управления, но я ожидаю, что он будет работать так:
Ont aspx:
<yourTag:CustomButton SkinID ="btnSkinBlue" runat = "server"/>
На файле скина:
<yourTag:CustomButton SkinID ="btnSkinBlue" runat = "server" CssClass="someclass" />
В файле скина, по умолчанию:
<yourTag:CustomButton runat = "server" CssClass="defaultClass" />