Я придерживаюсь философии, что сборка должна выполняться с использованием подхода «наименьшего общего знаменателя». Что входит в систему контроля версий - это то, что требуется для сборки. В то время как я разрабатываю исключительно с Eclipse, моя сборка идет с помощью ant в командной строке.
Что касается контроля версий, я проверяю только файлы, которые необходимы для сборки, из командной строки. Нет файлов Eclipse. Когда я настраиваю новую машину для разработки (кажется, два раза в год), требуется Eclipse, чтобы импортировать проект из файла сборки ant, но ничего страшного. (Теоретически, это должно работать так же и для других IDE, нет? Неужели они должны быть в состоянии импортировать из ant?)
Я также задокументировал, как настроить минимальную среду сборки.