Я думаю, что ответ будет "это зависит".
Если у вас есть относительно опытные инженеры, которые могут управлять своей собственной конфигурацией IDE, то я бы сказал, что пусть они используют все, что хотят.Я работал над проектом, где на веб-стороне я был в NetBeans, а в остальных модулях я был в Eclipse.Это работало хорошо, но на самом деле не было никакого установленного «стандарта», потому что все были достаточно опытны, чтобы иметь возможность управлять своей IDE.
В условиях, когда у вас есть менее опытные инженеры, тогда было бы хорошо иметь одну IDE.потому что это сократит время, которое руководители группы должны тратить, чтобы поддерживать младших разработчиков в работе, и в этом случае было бы намного проще поддерживать одну среду разработки вместо нескольких.
ВНи в коем случае я бы не проверял файлы проекта, созданные netbeans или eclipse.Хотя вначале может показаться приятным запускать и запускать людей, когда кто-то вообще хочет настроить их настройки, у вас внезапно возникает битва конфигурационных файлов в вашем контроле исходного кода, и это воняет.