Например, плагин компилятора maven просто запускает процесс для выполнения команды javac при выполнении?
В случае плагинов компилятора maven это точно так, как вы описали, но другие плагины работают по-другому. Пусть ответ будет более конкретным, если ваши вопросы будут более конкретными.