Код, который вы опубликовали, ничего не делает, он заменяет ,
на ,
.
Вы можете сделать это с помощью регулярных выражений, но здесь есть другой метод:
$output = '';
$tmp = explode(",",$line['m_tags']); /* convert to array */
foreach($tmp as $tag)
$output .= '<a href="index.php">'.$tag.'</a>, '; /* put link in output */
echo substr($output,0,-2); /* echo output without the last , */
Более короткая альтернатива, как отметил Феликс Клинг:
$tmp = explode(",",$line['m_tags']); /* convert to array */
foreach($tmp as $key => $tag)
$tmp[$key] = '<a href="index.php">'.$tag.'</a>'; /* put link back in tmp */
echo implode(",",$tmp);