Как отправить последовательность на сервер предсказания веб-гена в Python?

Question

В настоящее время я работаю над некоторыми проектами программ ab initio gene предсказания.Я нашел несколько интересных веб-серверов для предсказания генов, таких как «FGENESH» и «GenScan».URL ниже: http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind

Я хочу спросить вас, как я могу отправить файл последовательности ДНК на моем компьютере через скрипт Python, не используя веб-браузер.Кроме того, я хочу знать, как анализировать результат.

Спасибо.

Answer 1

Исходный способ решения вашей проблемы - использовать механизировать (вид имитирует браузер).И затем для разбора XML / HTML-результатов вы, вероятно, захотите использовать BeautifulSoup , который позволяет получить XML-структуру в составном объектно-ориентированном формате, откуда вы можете получить доступ к тексту и атрибутам.В сети есть десятки примеров использования обеих библиотек.

Однако эти веб-службы обычно имеют более удобный для программиста API для обработки запросов, к которому вы можете наиболее легко получить доступ с помощью urllib.Я предполагаю, что есть много примеров сценариев, которые уже делают вещи с PDB (быстрое прибегание к помощи принесло этот ) или подобное, так что это может быть хорошей отправной точкой.