На самом деле это довольно просто.Но для тех, кто спотыкается об этом вопросе, я отвечу на него сам.
Мы использовали атрибут wsdlLocation, чтобы убедить glassfish отменить исходный файл wsdl, а не восстановленный из классов java.
@WebService(name = "wsName", targetNamespace = "http://ws.unknown.com/",
serviceName="wsServiceName", portName="wsPortName",
wsdlLocation="wsDefinition.wsdl")