Конечно, http://gnokii.org/ Это библиотека на основе C, но вы можете написать оболочки JNI, чтобы представить ее как API Java, и, кстати, с открытым исходным кодом тоже:)
Это написано исключительно на Java, снова с открытым исходным кодом: http://smsj.sourceforge.net/ Sun прекратила поставлять javacomm, который позволял Java взаимодействовать с последовательными портами, но они больше не связаны с выпусками Java, возможно, вам придется скачать его отдельно.