используйте html-функцию следующим образом:
$("#table1 td:contains('a')").html("hallo");
Если вы хотите использовать innerHTML (это метод DOM, а не метод Jquery), вы должны сначала выбрать DOMElement.
jQuery(document).ready(function(){
$("#table1 td:contains('a')").each(function(){
jQuery(this)[0].innerHTML = "Hallo";
});
});