Существует множество различных сетевых симуляторов, в зависимости от того, насколько детально вы хотите провести сим и какую сеть вы хотите симулировать.
NEURON и GENESIS хороши, если вы хотите смоделировать полные биологические сети (о которых я, вероятно, не догадываюсь), вплоть до поведения дендритов и т. Д.
NEST и SPLIT и некоторые другие подходят для моделирования популяций, когда вы создаете популяцию для каждого узла и смотрите, что делает вся популяция. Это в значительной степени стандартный подход «промышленности», который широко используется в исследовательских и коммерческих приложениях, поэтому его стоит рассмотреть. Я знаю, что IBM использует SPLIT для некоторых своих исследований.
MIIND хорошо, если вы хотите использовать дифференциальные уравнения для моделирования того, что будет делать популяция, но этот подход является относительно новым и вычислительно дорогим (если очень крутым).
Не уверен, что это именно то, что вы хотели!
(Нет. Если вы введете в Google любое из названий в заглавных буквах вместе со словом "симулятор", вы окажетесь на соответствующей веб-странице =)