Вы делаете это, помещая файлы контекста xml в соответствующее место:
${catalina.home}/conf/Catalina/www.example.com/ROOT.xml
${catalina.home}/conf/Catalina/www.foobar.com/ROOT.xml
${catalina.home}/conf/Catalina/www.foobar.com/other-webapp.xml
К сожалению, ваш server.xml все равно должен будет содержать корневые элементы хоста:
<Engine defaultHost="www.example.com" name="Catalina">
<Host name="www.example.com"></Host>
<Host name="www.foobar.com"></Host>
...