Большинство файловых баз данных не поддерживают кластерные индексы. Это потребовало бы перезаписи всего индекса, если вы вставили новую строку не по порядку. Поскольку это дорого (и блокирует операцию), большинство файловых баз данных этого не позволяют.
НО, вы обычно получаете представление о естественном порядке. Порядок, в который вы вставляете, соответствует их порядку на диске. Это то, чего нет у вас с полным SQL Server, который всегда освобождает свободное место от предыдущих страниц.