У меня недавно была похожая проблема, когда мое приложение работало нормально с «grails run-app», но не как файл войны.Это было вызвано отсутствующей строкой "package" в одном из файлов.Я получал 404 ошибки.Когда файл war распаковывается на сервер, он не помещает файлы в те же каталоги, в которых они находятся в среде grails.Не уверен, что это поможет вам, но, возможно, другим с подобными проблемами.