Неа. Вы можете изменить значок, но это все.
Это сделано намеренно, потому что ClickOnce позволяет устанавливать вещи из Интернета, а разрешение изменений пользовательского интерфейса открывает двери людям со злонамеренными намерениями. Использование одного и того же пользовательского интерфейса для каждой установки clickonce позволяет убедиться, что люди знают, что что-то устанавливается: например, пользовательский интерфейс не может макетировать стандартное окно сообщения при реальной установке программного обеспечения в фоновом режиме (без ведома пользователя).