Если вы используете Windows Forms или GTK, это скорее всего потому, что в настройках вашего проекта установлен значок Win32, который либо подхватит, либо будет использовать.
Либо так, либо вы устанавливаете MyForm.Icon в явном виде в коде.
Если вы не используете Windows Forms или GTK, то это может вызвать не так много, поскольку я не верю, что для приложений MonoMac есть простой способ сделать это.