Для преобразования любого видео в mp4 используйте:
ffmpeg.exe -i INPUT.wmv -vcodec libx264 -sameq OUTPUT.mp4
Если качество слишком низкое, установите битрейт примерно таким, как вы хотите:
ffmpeg.exe -i INPUT.wmv -vcodec libx264 -b 500k OUTPUT.mp4
Выходной файл mp4 воспроизводится во Flash, браузерах, поддерживающих H.264 MPEG4, iOS и Android.