обычно я делаю это с помощью командной строки
ffmpeg -i input.mp4 -vcodec copy -acodec copy out.mkv
здесь файл i / p - это input.mp4, который будет конвертирован в out.mkv с одинаковым кодеком всего элементарного потока
ПРИМЕЧАНИЕ: команда upper будет работать только тогда, когда весь кодек input.mp4 будет поддерживаться контейнером .mkv.
и, если вас не интересует кодек, используйте
ffmpeg -i input.mp4 out.mkv
это преобразует mp4 в mkv (при необходимости это также изменит кодек выходного формата)