Я бы также проверил код и посмотрел, переопределяется ли билет для проверки подлинности форм с другим таймаутом, как в примере ниже.
FormsAuthenticationTicket ticket = new FormsAuthenticationTicket
(
1, // version
txtEmail.Text, // name
DateTime.Now, // issueDate
DateTime.Now.AddMinutes(30), // expiration
false, // isPersistent
roles, // userData
FormsAuthentication.FormsCookiePath // cookiePath
);
Если настройки явно перезаписаны из кода, настройки web.config не будут работать должным образом.