Каждый раз, когда клиентское или серверное приложение запускается, оно загружает конфигурации из файлов .config. Например, в WCF вы можете настроить привязки и конечные точки в файле .config, при запуске приложения оно сначала проанализирует файл конфигурации и создаст соответствующие конечные точки и привязки.
Эти настройки не нужно перестраивать при их изменении, поэтому, если вы хотите изменить поведение при развертывании приложения, я думаю, что файл конфигурации - лучший выбор.