import os
os.environ['SDL_VIDEO_WINDOW_POS'] = str(position[0]) + "," + str(position[1])
согласно http://pygame.org/wiki/FrequentlyAskedQuestions
Вы также можете просто центрировать экран с помощью
import pygame, os
os.environ['SDL_VIDEO_CENTERED'] = '1'
Обратите внимание, что это должно быть сделано до инициализации pygame в основном цикле. Я делаю это сразу после импорта ОС, например. И поскольку они на самом деле не являются частью pygame, вы, вероятно, можете использовать их в другом месте, хотя такие вещи, как gtk и wxpython предоставляют свои собственные механизмы.