IAR (я использую Embedded Workbench - ARM 5.3) сохраняет эту информацию в файле settings/<projectname>.dbgdt
в каталоге проекта. Убедитесь, что IDE может создавать и записывать в этот файл.
Если этот файл был помещен в систему контроля версий (что, вероятно, не должно быть), он может быть доступен только для чтения, в зависимости от используемой вами системы контроля версий.