Если это сторона сервера (неинтерактивная), то использование самого приложения Word не поддерживается (но я вижу, что это неприменимо). Поэтому либо следуйте по этому пути, либо используйте OpenXML SDK , чтобы узнать разметку, необходимую для создания комментария. С этим знанием все дело в манипулировании данными.
Формат .docx представляет собой ZIP-файл XML-файлов с определенной структурой, поэтому, как правило, когда вы попадаете в ZIP-файл и получаете правильный XML-файл, возникает вопрос изменения XML DOM.
Лучший способ - взять документ, скопировать его, добавить к нему комментарий (используя Word) и сравнить. Разница покажет вам, какие элементы / структуры вам нужно искать в SDK (или стандарте ISO / Ecma).