Похоже, что большинство кодеков будет делать уже при использовании переменной скорости передачи данных и изменения автоматической частоты кадров.Конечно, алгоритм будет определять, какие «важные» части есть.
Для вашего примера процесса я бы пошел в oldschool Pro, обрезал и экспортировал каждый раздел, выполняя массивное сглаживание для каждого «не важного» файла., а затем объединить их снова в QuickTime.