Я вижу небольшую проблему с FFMPEG, поскольку , очевидно, работает на архитектурах 11 , поддерживаемых Debian. По-видимому, только не поддерживаемая архитектура - m68k, другие - старые версии в портах для ядра FreeBSD или ядра Hurd. И из того, что я знаю об Android, тот факт, что он основан на ARM, не изменится в ближайшее время.
Конечно, могут быть некоторые проблемы с обертками Java вокруг нативного кода. Это проблема? Я не Android и не Java-программист, но я уверен, что вы можете определить платформу и динамически загрузить соответствующую встроенную оболочку.